Con dieciséis años se inicia en la escalada. En 1979 realizó sus primeros ascensos en los Alpes y en los Andes de Sudamérica. También ha estado en Perú. En 1981 realiza su primera expedición al Himalaya. Fué director técnico de la primera escuela–taller de guías de alta montaña creada en España y miembro habitual del equipo de Al filo de lo imposible desde sus orígenes, participa en numerosos capítulos de la serie entre 1983 y 2004. A partir de 1983 lleva a cabo numerosas actividades en el Himalaya y en el Karakorum , entre las que destacan un intento en el pilar Sur del Everest y las cimas del Makalu , Cho Oyu y central del Shisha Pangma . En 1986 ataca la cima del Broad Peak , después de haber trazado una nueva ruta a la arista Nordeste del Chogolisa . Intenta la vía japonesa de la cara Oeste del K2 , montaña a la que volverá en otras tres ocasiones por la ruta Cessen y la vía normal hasta alcanzar la cima finalmente en 1994, por el acicate norte, en compañía de Atxo Apellániz . Pero fué un reto que comportó la muerte de su compañero, a pesar de que Juanjo lo intentó todo para salvarle. Su actividad expedicionaria y alpinista le ha llevado a realizar numerosas salidas por África , – Kilimanjaro y Ruwenzori -, en Canadá , en Estados Unidos , en Argentina -Aconcagua-, en Brasil y en Nueva Zelanda , entre otros lugares. 

Es autor de varios libros, entre los que destaca «Cuando la luna cambie» (2000) o «Cita con la cumbre una historia de amistad y tragedia en el K2» (1994) donde San Sebastian relata la muerte de su compañero de escalada, Atxo Apellániz, en el K2 y profundiza en algunos de los aspectos esenciales de la existencia y de por qué se escalan montañas.  También es autor de varios documentales como «Bájame una estrella», en memoria de la escaladora navarra Miriam García Pascual , o «El Viaje», así como de una serie sobre la historia del alpinismo vasco. 

Imparte conferencias en las que, sobre todo, se explaya sobre los valores labrados en un medio tan hostil como las montañas de altitudes extremas: pasión, curiosidad, esfuerzo, capacidad de enfrentarse a la adversidad, ejercicio del liderazgo, cohesión de grupos.

Hace años que tiene casa en una pequeña localidad de Las Merindades donde ha encontrado su pequeño paraíso y donde pasa casi tanto tiempo como en Vizcaya, vuela en ultraligero y sigue escalando con amigos locales. 

Colabora con el Ateneo, impartiendo charlas y facilitando exposiciones conferencias, películas etc. de sus numerosos amigos y contactos, siempre relacionado con montañismo, deporte, medio ambiente y, sobre todo, valores humanos.